今日も、今年4月1日から始まる「使用者による年休付与義務（時季指定義務）」の実務について、考えてみましょう。
厚生労働省パンフレットのQ&Aから抜粋します。

Q:
法定の年次有給休暇に加えて、会社独自に法定外の有給の特別休暇を設けている場合には、その取得日数を５日から控除することはできますか。

A:
法定の年次有給休暇とは別に設けられた特別休暇（たとえば、労働基準法第115条の時効が経過した後においても、取得の事由及び時季を限定せず、法定の年次有給休暇日数を引き続き取得可能としている場合のように、法定の年次有給休暇日数を上乗せするものとして付与されるものを除く。以下同じ。）を取得した日数分については、控除することはできません。
なお、当該特別休暇について、今回の改正を契機に廃止し、年次有給休暇に振り替えることは、法改正の趣旨に沿わないものであるとともに、労働者と合意をすることなく就業規則を変更することにより特別休暇を年次有給休暇に振り替えた後の要件・効果が労働者にとって不利益と認められる場合は、就業規則の不利益変更法理に照らして合理的なものである必要があります。

会社独自の制度で、本人や家族の結婚、親族が死亡した際に、有給で特別休暇を与える制度があります。
会社の就業規則で確認してみてください。

たとえば、本人が結婚する際に5日の特別休暇を与える制度があったとしましょう。
会社から「結婚の特別休暇で5日与えているんだから、会社指定の年休は付与しないよ」という訳にはいきません。
Q&Aが言わんとしているのは、別枠で考えてくださいねということです。

また、今回の5日の会社による年休付与に伴い、特別休暇自体を無くそうという会社があるかもしれません。
それは今回の法改正の趣旨に沿いませんよと釘を刺しています。
さすがに、それはやめておきましょう。