セブンイレブンで実際に発生した事例です。
12月10日の日経夕刊から抜粋します。

セブン、残業代一部を長期未払い　バイトなど4.9億円

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セブンではフランチャイズチェーン（FC）加盟店が従業員を雇用し、人件費を負担するが、給与の計算や支払いは本部が代行する。今年9月、労基署からの指摘により、時間給で働くバイトやパート従業員が休まずに出勤した場合などに払う「精勤手当」や、職務の責任に対して払う「職責手当」から算出する残業手当について、労働基準法で定められた計算式をセブン本部が誤っていたことが発覚。2001年10月から本来の金額より少なく支給してきた。

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具体例でお話しします。

たとえば、時給1,000円、精勤手当が月額10,000円、1ヵ月の平均所定労働時間が100時間のパートさんがいたとしましょう。

この人が1時間残業した場合、時給1,000円を1.25倍した1,250円を支給していたのがセブンイレブンの事例なのだと思います。

1.25倍する対象（割増賃金の基礎となる賃金）なのですが、以下のものは含みません。
・家族手当（家族数に応じたもの）
・通勤手当（費用に応じたもの）
・別居手当
・子女教育手当
・住宅手当（費用に応じたもの）
・臨時に支払われた賃金
・1ヵ月を超える期間ごとに支払われる賃金（一般的にはボーナスのこと）

逆に言うと、上記のもの以外は割増賃金の基礎に含めます。

つまり、上記の例で言いますと、精勤手当10,000円も含めるということです。

この10,000円は月額ですから、これを1ヵ月の平均所定労働時間である100時間で割ると1時間あたり100円です。
これを時給1,000円にプラスし、残業代は1,100円×1.25＝1,375円となるわけです。

この差額（1,375円－1,250円＝125円）が未払いだったというわけです。

正直に申しますと、セブンイレブンと同じ計算をしている会社も多いような気もします…。